Una ubicación privilegiada sitúa a la Isla de Chiloé en la porción media de los bosques templados del sur de Chile, los que se clasifican dentro de la llamada pluviselva templada, un tipo forestal distribuido en Sudamérica austral, Tasmania, Nueva Zelandia y la costa noroeste de Norteamérica. Sudamérica posee más de un cuarto de la superficie total de este tipo de bosque en el mundo.

Por su aislamiento geográfico la flora de estos bosques es rica en endemismos, es decir, en grupos únicos de plantas y animales. Más del 95% de las aproximadamente 50 especies de árboles son exclusivas del bosque de Sudamérica austral y algunas de ellas son raros ejemplares de familias cuyos únicos representantes se encuentran en los bosques chilenos. La oscura y húmeda selva austral constituye el hogar exclusivo de especies escasamente conocidas. Entre ellas destaca el tímido marsupial arbóreo llamado monito del monte (Dromicyops australis) , el chucao (Scelorchilus rubecula), una curiosa ave esencialmente terrestre, la diminuta ranita de Darwin (Rhinoderma darwini) y el ciervo mas pequeño del mundo conocido como pudú (Pudu pudu). Investigaciones realizadas por científicos de este centro de estudios han demostrado que entre muchas plantas y animales que habitan el bosque chileno existen una compleja red de interacciones ecológicas y especies de árboles con una de gran calidad de madera.

También son características relevantes de estos bosques su inusual diversidad de especies de diferentes formas de vida, donde destacan enredaderas, epifitas, helechos, musgos y líquenes, una marcada dominancia de angiospermas sobre gimnospermas, a diferencia de muchos bosques del hemisferio norte. Además existen importantes relaciones mutualistas entre plantas y animales, tanto en el proceso de polinización como en el de dispersión de semillas. Estas relaciones bióticas son menos importantes en bosques templados del hemisferio norte, donde las coníferas son el componente mayoritario y son polinizadas y dispersadas por el viento.